马尼拉的交通非常方便，市民出门不论远近均习惯乘车，市内的交通工具主要有轻轨、公共汽车和“吉普尼”[Jeppney]车等。“吉普尼”由于价格便宜,线路遍布城市的每个角落,是最为常用的交通工具.它是一种带车篷的厢式吉普车，其车厢内有相对而坐的两排座位，乘客可随时打招呼上下。吉普尼是最初是用作二战时运送美国士兵的交通工具,是拼用旧车部件改装并经过交通局检验的组装车.

轻轨（Manila Light Rail Transit System）有两条线, 由于颜色设计的区别,其中LRT-1为黄线，LRT-2为紫线。（Metro Rail Transit System）有一条线，MRT-3为蓝线。轻轨这3条线连接了整个马尼拉大都会数个城市，马尼拉LRT是东南亚最早建成的轻轨系统，比新加坡的MRT线还要早3年，这样便捷的交通工具却只收取极为便宜的价格,是总统阿罗约施行的便民政策之一。

以马尼拉为起点，菲律宾国营铁路分南北两条线路。北线延伸到圣费尔南多，可在中途换车去碧瑶。南线延伸至雷加斯比，中途可见马荣火山。不建议乘坐火车，因为火车速度慢，有时还比较危险。

马尼拉的北港和南港均有很多渡船驶往菲律宾的主要岛屿，乘出租车过去分别需要P70和P50，但回来的时候司机通常不愿意打表。渡船的时间表一般在当天的英文报纸上有列出，Malate和Ermita两家旅行社可以出票。

马尼拉湾口距市区55.5千米，海湾长8.3千米，是一个天然良港，马尼拉港外建有很长的防波堤，防波堤里面是码头区，码头建于1834年，巴石河经此入海，把海港分成了南北两港。北港停泊近海轮船，南港停泊远洋海轮。戴尔潘桥、琼斯桥、麦克阿瑟桥、奎松桥和阿亚拉桥跨越巴石河，连接两港的地面交通。马尼拉港港阔水深，现代化设施齐备，是菲律宾进出口的要地和贸易中心。