13世纪中叶，蒙古军队曾攻入升龙，对其大肆破坏，并一度在升龙设置了达鲁花赤的官职。

1397年，在陈朝权臣胡季犛的操纵下，越南将首都从升龙迁都清化，并将清化称为“西都”，升龙称为“东都”。

1407年—1427年间，越南为中国明朝占领，河内是明朝交趾布政使司（交趾省）的省会，称交州府，东关县（今河内）为其府城。后黎朝驱逐明朝以后，河内称为“东京”。

1831年，阮朝的明命帝定此地为陪都，见城市环抱于红河大堤之内，遂改称为“河内”，一直沿用到今天。

法国殖民统治时期，河内曾是“法属印度支那联邦”总督府所在地，从此给河内带来法国风。

中法战争期间，中国人刘永福所统率的黑旗军曾在河内纸桥大败法军。

1940年日本人占领了这座城市，日本投降后，这座城市成为法国殖民政府与越盟的战场。

1945年八月革命以后，胡志明在河内巴亭广场发表《独立宣言》，河内成为越南民主共和国（北越）的首都。

越南战争时期，河内的交通运输设备因桥梁和铁路的炸毁而遭到严重影响，然而越南人很快将其修复。战争结束后，南北越于1976年7月2日完全统一，河内正式成为了这个统一的国家的首都。

2008年8月1日，邻接的河西省、永福省的麋泠县，以及和平省梁山县的三个地方自治体划归河内市，使其面积成为以前的三倍。