1761 年，英国东印度公司官员亚历山大·达尔林普尔与苏禄苏丹缔结协议，允许他在峇兰巴雁岛设立贸易站，但由于该项计划在 1805 年 11 月遭到失败，使得岛屿和站点均被英国所舍弃。

1846 年，文莱苏丹将位于北婆西海岸的纳闽岛割让给英国，而后者于 1848 年成为英属皇家殖民地。几经转移，北婆罗洲的所有权最后流落到阿尔弗雷德·登特手中，并由他在 1881 年成立了英属北婆罗洲临时协会有限公司。

1882 年，英属北婆罗洲特许公司成立，以古达为特许公司初始之总部，后于 1883 年将总部迁往山打根。

1885 年，英国、西班牙和德国签订了马德里议定书，承认西班牙在苏禄群岛的主权，以交换西班牙放弃对北婆罗洲的主张。

1888 年，北婆罗洲成为英国的保护领。

1963 年 8 月 31 日，北婆罗洲被英国予以自治地位，但并未从法律上获得正式独立，其国防、外交、财政、内政等事务仍由英国政府所掌管。

日本占领到独立

第二次世界大战期间，日军于 1942 年 1 月 1 日登陆纳闽，并继续入侵北婆罗洲的其他地区。1942 年到 1945 年，日本军队占领马来亚、北婆罗洲和砂拉越，连同这座岛屿的大部分地区。日军完全占领沙巴后，当地人组织了抗日组织“神山游击队”，由郭益南建立；而在古达，另一支游击队由敦姆斯达发建立。1943 年 10 月 10 日，郭益南的部队开始与日军交战。亚庇市的亚庇国际机场正对面有一座 Petagas 战争纪念碑。

盟军的轰炸摧毁了大多数城镇，山打根被夷为平地。山打根曾有一座由日本人所管理的残酷的战俘营，用来关押在北婆罗州的澳大利亚与英国战俘。囚犯遭受惨无人道的待遇，而且盟军轰炸使得日本人将战俘营搬迁到内陆的兰瑙，有 260 公里之遥。当时所有的战俘犯人数量已减少到 2504 人，被迫展开恶名昭彰的山打根死亡行军。几乎所有的战俘都在这场行军中死亡，只有六名澳大利亚人逃跑幸存。1945 年 9 月 10 日战争结束。

日本投降后，北婆罗洲由英国军政府所管理，1946 年成为英国海外领地。北婆罗洲的首都由山打根迁至亚庇。英国继续统治北婆罗洲直到 1963 年 8 月 31 日，北婆罗洲摆脱英国统治独立。之后是一段过渡时期，英属北婆罗洲总督留在北婆罗洲至 1963 年 9 月 16 日，即马来西亚联邦成立为止。