1945年9月，英军回到了新加坡，1946年3月军事管制结束后，海峡殖民地就解散。1946年4月1日，新加坡成为英国直属殖民地。战后的新加坡已经与战前大不相同，人民要求在政府中有更大的发言权。总督的权力被分散，一个由官方人士及被任命的非官方人士组成的顾问组成立。该体系于1947年7月变为两个分开的行政及立法会议。1948年3月20日，新加坡举行了第一次选举。1953年底，新加坡修改宪法，享有较大的自治权。

1955年，新加坡举行选举，马绍尔成为新加坡第一位首席部长，由他所领导的劳工阵线，同巫统和马华工会组成联合政府。由于争取完全自治谈判破裂，马绍尔于1956年6月6日辞职。1957年3月，林有福率领的谈判代表团在伦敦谈判中对新加坡新宪法的主要条文达致协议。1959年新加坡进一步取得自治地位。同年5月举行第一次大选。人民行动党在51个立法议院议席中赢得43席。6月5日，新加坡自治邦首任政府宣誓就职，李光耀出任新加坡首任总理。

1961年5月，马来亚首相东姑阿都拉曼公布了想把新加坡、马来亚、文莱、沙捞越和北婆罗洲联合起来组成联邦。对此，李光耀决定举行全民投票，最后71%的人投了赞成票。于是在1963年9月，新加坡脱离了英国的统治正式加入马来西亚联邦。