1963 年 8 月 31 日北婆罗洲取得自治。1962 年，成立科博德委员会，以确定沙巴和砂拉越人民支持组成联邦的方案，该委员会发现这个方案受到人民普遍支持。沙巴的多数族裔社群领袖，由敦穆斯塔法代表穆斯林，敦福阿德斯蒂芬斯代表非穆斯林土著，丘锡州代表华人，到最后表示支持这个组成联邦的方案。

1963 年 9 月 16 日，北婆罗洲在此后称为沙巴，与马来亚、砂拉越和新加坡，共同组成独立的马来西亚。

从马来西亚组成之前，一直到 1966 年，印度尼西亚对于英国在背后撑腰的马来亚和后来的马来西亚政府采取敌对的政策。这种不宣而战源自于印度尼西亚总统苏加诺，他认定这是英国扩大在该地区的影响力，打算夺取整个婆罗洲，归在印度尼西亚共和国统治之下。

敦福阿德斯蒂芬斯成为沙巴州第一位首席部长。第一任州元首是敦穆斯塔法。沙巴在 1967 年举行了第一次州选举。直到 2008 年，共举行过 11 届的州议会选举，国民阵线一直在该州稳定执政。截至 2009 年，沙巴曾有 13 位首席部长，9 位不同的州元首。从 1970 年开始，由于在菲律宾棉兰老岛发生摩洛人叛乱，当地的难民陆续抵达沙巴。