沙巴州面积大约 72,500 平方公里，海岸线长 1,440 公里，沙巴州在地图上看似一个狗头，三面环海，首府是亚庇，沙巴州东北部与菲律宾为邻，面向苏禄海，东部南部是印尼苏拉维西及加里曼丹，面向苏拉威西海，也称西里伯斯海，东南部与文莱及砂拉越州为邻，西部面向南中国海。

沙巴境内最长的河流是京那巴当岸河，最高的山是神山。

亚庇（Kota Kinabalu）

曾译作哥打京那峇鲁，沙巴州的首府。属于肥沃的低地平原，大部分的商业贸易活动以及州行政工作皆集中在这里。亚庇是进入马来西亚的“东方之门”，此地的机场提供直飞文莱、香港、菲律宾、新加坡、韩国、印度尼西亚及台湾。

斗湖（Tawau）

沙巴州第三大城市。也是斗湖区的行政中心。斗湖位于沙巴东南部，面向苏拉威西海，后靠内陆山脉。市镇分成 3 区：沙宾都，发佳和旧斗湖。

山打根（Sandakan）

沙巴东海岸的一个小城市，人口约 30 万人。山打根曾经吸引了大批的香港人到来做生意，加上景貌相似，有“小香港”之称，也是沙巴州内唯一以广东话为主的城市，香港明星冯宝宝就是在山打根的新加坡街出生的。

根地咬（keningau）

座落在马来西亚沙巴州内陆省的一座城镇，是内陆省七个县中最大的县市之一，也曾经是英国殖民地和二战日军的重要行政中心。

拿笃（Lahad Datu）

马来西亚沙巴州斗湖行政区的一个县城，是一个被可可和油棕园围绕着的农耕埠，同时也是进入丹浓谷保护区，踏缤野生动物保护区，以及往南面马岱山洞的门槛。

仙本那（Semporna）

在巴夭语和马来语中，仙本那字面意思为“完美的”。城镇被海水包围着，仙本那和它的附属海岛就像是一个现实世界中的梦境之岛。原本只是一座小渔村，不过，现在它已发展成为著名的海底世界旅游中心了。