东京的历史可以追溯到约400年前。1603年德川家康在这里建立德川幕府，东京由此开始了繁盛时期。当时，东京被称为“江户”，是日本政治及文化中心，18世纪中期发展为人口超过 100万的大城市。

1868年江户幕府倒台，江户改称为东京。自此，天皇由京都迁至东京，东京成为名符其实的日本首都。

明治时代（1868年—1912年），日本大规模吸收西方文明，“大名”宅邸旧址上，建造了砖墙石壁的建筑，主要道路也铺上了鹅卵石。1869年，东京—横滨间开设了日本第一条电线，1872年新桥—横滨开通了最早的蒸汽机车。西式发型取代了传统的武士发髻，时尚标志为礼帽、高领西服和收腰宽摆的长裙。到了1882年，上野建成了日本最早的动物园，1885年内阁制开始实施，第一任首相伊藤博文就职。1889年，大日本帝国宪法（明治宪法）公布，确立了日本作为近代国家的基本体制。

1912年开始的大正时代，日本各城市劳动人口增加，消费生活的比重提高。同时，教育水平上升，更多女性进入高等中学学习，戏剧、歌剧盛行。

1923年9月，关东大地震袭击东京，东京的中心地区被震后的大火夷为平地，14万人死亡或失踪，30万栋房屋烧毁。震后，虽然制定了都市复兴计划，但由于所需费用超过当时全国的预算而最终未能实现，仅有极少一部分得到实施。

1926年末拉开帷幕的昭和时代，依然留有关东大地震的影响，从一开始就黯然无光。另一方面，也有1927年浅草与上野之间开通第一条地铁、次年1928年根据普通选举法首次实施的众议院议员选举等好消息。1931年，羽田建成东京机场，1941年东京港开港。到1935年，东京人口已经达到 636万人，与纽约、伦敦持平。

1941年开始的太平洋战争极大影响了东京的发展。因战争需要，之前实施的东京府与东京市的双重行政被取消。1943年府、市合并，成立了东京都（开始实施都制‐知事采取任命制）。二战末期，东京遭受了包括1945年3月10日东京大空袭在内的共102次空袭，损失了无数的生命和财产。1945年9月2日，日本签署投降协议，战争结束。变为荒野的东京，人口骤减， 1945年10月人口为349万人，仅为1940年的一半。