1820年代，由于第一波欧洲移民潮的到来，波士顿的人口构成开始发生戏剧性的变化。大批爱尔兰人和意大利人移居该市，将他们的罗马天主教也带到这座城市。截止至2013年，天主教是波士顿最大的宗教团体，从20世纪初起，爱尔兰人开始在波士顿政治中扮演重要角色，肯尼迪家族就是其中的杰出代表之一。

从1630年到1890年，通过填平沼泽、海滨泥滩和码头之间的缝隙，波士顿的城市规模扩大了三倍。在19世纪进行了巨大的“削山填海”的改造工程。1807年开始，灯塔山的山顶被用于填平一个面积50英亩（20公顷）的池塘，后来那里形成了干草市场广场。今天，马萨诸塞州政府就坐落在变矮后的灯塔山的山顶。19世纪中叶的工程形成了波士顿南区、波士顿西区、金融区、和波士顿唐人街。1872年波士顿大火之后，工人用碎石重建了濒水的市中心地区。在19世纪中后期，工人们用铁轨从尼达姆高地取来泥土，填平了波士顿西面大约600英亩（2.4㎞²）的查尔斯河沼泽地。另外，该市陆续合并了附近的市镇——洛克斯伯里（1868年）、多尔切斯特（1870年）、布莱顿、西洛克斯伯里、查尔斯镇和海德公园。1874年，波士顿最后一次合并了3个镇，从此市区界限固定了下来，未再变动。

20世纪早期和中期，波士顿由于工厂陈旧老化开始衰落，工厂纷纷迁往劳动力更低廉的地区。波士顿做出了反应，开始建造各种城市更新项目，包括拆除业已陈旧的西区，和建造波士顿政府中心。1970年代，波士顿在长达30年的经济低迷时期之后恢复了繁荣，并带动了共同基金的发展。波士顿因其卓越的医疗服务享有盛誉，麻省总医院、贝斯以色列女执事医疗中心和布莱根妇女医院等医院在疾病治疗和医疗创新方面在全美国领先。哈佛大学(HARVARD)、麻省理工学院(MIT)、波士顿学院(BC)、东北大学(NEU)和波士顿大学(BU)等高等学府吸引了许多学生来到波士顿都会区求学深造。

21世纪初，波士顿已经成为一个智力、技术与政治思想的中心。不过，该市还必须解决1990年代以来因房价急剧上涨造成生活费用过高的问题。2004年，波士顿大都会区已经成为全美国生活开支最高的地方，而马萨诸塞州是全国唯一人口下降的州。