圣菲波哥大市旗由红、黄两色横带组成。黄色代表正义、仁慈、圣洁、善良；红色代表自由、健康和仁爱。城徽中央为一只张开双爪的雄鹰图案，代表坚定和强猛，周围镶嵌着9个红色的石榴，代表着勇敢。遇有全国庆典或全城的纪念日，国家机构的公共建筑物都要把城徽放在显见的位置上。

建城

1538年8月6日贡查洛·希梅内兹·德·奎萨达（Gonzalo Jiménez de Quesada）在原奇布查人的小城Bacatá（意为“高的田地”）处正式宣布建立了波哥大。奎萨达以他的故乡西班牙格拉纳达的名字命名这座新城市为圣达菲（Santa Fe），但是很快就有人在这个名字的后面加上了原来印第安人地名衍生过来的波哥大这个名字，因此这座城市的全名是波哥大的圣达菲（Santa Fe de Bogotá）。但是同年另外两支远征队也来到这里与奎萨达争这座新城市，最后奎萨达向这两支远征队付钱后他们才撤回。为了保障他的权利奎萨达于1539年4月又一次正式与这两支远征队的首领从形式上和法律上宣布建城。

殖民时期和共和国时期殖民时期

波哥大是新格拉纳达的首府，它与卡塔赫纳一起是当时今天哥伦比亚最重要的城市。

当时波哥大的居民主要是在新大陆出生的西班牙裔人，在他们的影响下在波哥大产生了哥伦比亚独立运动。1810年7月20日哥伦比亚首次从西班牙独立，虽然西班牙此后重占波哥大，但是1819年哥伦比亚终于完全独立。同年波哥大成为大哥伦比亚首都，但是大哥伦比亚很快就分裂为今天的厄瓜多尔、哥伦比亚和委内瑞拉。此后波哥大多次受内战的冲击，其中最有影响的是保守派和自由派之间从1899年到1902年的“千日战争”（Guerra de los Mil Dias）。