圣萨尔瓦多城是西班牙殖民者在1525年开始建立的，最初建在附近的一个叫做苏哥托托的地方，后来迁到现在的地方。

这里先后曾是库斯卡特兰殖民者和危地马拉都督府萨尔瓦多省的省会。

1834-1839年曾为中美洲联邦首都。

从1841年成立萨尔瓦多共和国起，这里就成为首都。圣萨尔瓦多大部分是印欧混血种人，居民大多信奉天主教，官方语言为西班牙语。曾屡遭地震毁坏，后重建为现代化城市。

圣萨尔瓦多曾多次发生地震，其中1854年的一次强烈地震，几乎把整个城市夷为平地。但顽强的萨尔瓦多人民一次又一次地在地震的废墟上重建自己的首都。

城市屡遭地震及洪水破坏,多次重建，殖民时期的建筑已所存无几,多处可见现代化防震钢筋混凝土建筑。街道呈正交格式。

该城城市布局合理，街道整齐宽阔，交叉呈方格形，为防止地震，市内房屋多为低层建筑，周围留有空地。

市中心在巴里奥斯广场，周围有国家宫、中央大教堂、梅尔塞德教堂等著名建筑物。工业区及棚户区在周围市郊。市内有国立大学和国家博物馆。