1950年代里随着城市西部的国际机场的建设波哥大的市区向西发展。由于市东山区的局限城市当时已经无法向东发展了。一个短期的独裁统治很快就被自由党和保守党联合组成的“民族阵线”（Frente Nacional）推翻了。

为了防治苏联在拉丁美洲扩张其影响力美国在美洲国家组织中发动了“发展联盟”的运动。1961年美国总统约翰·肯尼迪为推动这个运动访问波哥大，从中发动了建设一个新的市区的活动。这个名为肯尼迪的新的市区今天有上百万居民。由于1948年动乱后哥伦比亚全国各地不断发生动乱，许多难民逃往波哥大。波哥大从不到五十万人的城市爆涨到了21世纪初的七百万居民。

1970年代成立的游击队4月19日运动对波哥大和哥伦比亚的未来有很重要的影响。哥伦比亚政府在市中心建造了一座新的总统府，这是当时很常见的在贫困的市中心建造豪华大厦的典范。1984年4月30日哥伦比亚司法部长在波哥大市北被贩卖毒品的垄断集团刺杀，这个事件使得哥伦比亚政府与贩毒集团之间的矛盾升级，哥伦比亚的毒品战爆发。

1985年11月6日—4月19日运动的游击队攻入波哥大的司法部。在此后政府军与游击队激战和重占司法部的过程中数百人丧身。数日后，11月13日鲁伊斯火山爆发，山顶的积雪融化导致拉古尼拉河泛滥，小城阿尔梅罗被泥石流覆盖，两万五千人丧生，数千人逃往波哥大。

1990年代里波哥大时常遭到贩毒集团的恐怖袭击，他们在百货商场里，甚至在国家安全组织的总部设炸弹。数百人丧身。作为反应哥伦比亚政府加强了毒品战。

在这段时间里4月19日运动解散，其首领参加总统竞选，但是在一次班机旅行时被刺杀。2000年波哥大开始建造新世纪公交系统。