马瑙斯自由贸易区面积共1万平方公里，以马瑙斯市为中心，由工业区、商业区和农牧区三部分组成。

工业区最初划定的地理面积是1700公顷（现已全部利用），随着当地投资建厂的增多，后又扩展了2200公顷（可供使用），主要由5大部门组成：电子工业、信息产业、两轮车工业、化工行业和热塑材料行业。

2005年，马瑙斯自由贸易区工业区创多项历史记录。工业区企业总营业额达189.6亿美元，进口原材料47.6亿美元，出口总值达20.2亿美元，税收93亿雷亚尔，约计40亿美元。直接就业人数达10.04万。另外，工业区产品2005年的国产化率超过50%，所在地区提供的原材料在总原材料中占比达33%。尽管雷亚尔相对美元升值，有利于进口，但工业区凭借较强的产品竞争力取得了替代进口的效果。

马瑙斯工业区的主要出口市场有美国、阿根廷、委内瑞拉、智利、哥伦比亚、匈牙利、德国、墨西哥、秘鲁、芬兰、厄瓜多尔、韩国、加拿大、意大利、巴拉圭等。较有潜力的出口市场为泛亚马逊地区，即组成国际亚马逊地区的国家（巴西、玻利维亚、厄瓜多尔、秘鲁、委内瑞拉和苏里南）和美洲的其他国家。

商业区在自贸区建立初期发挥了很大作用，但随着巴市场的逐渐开放，商业活动进入低谷，近两年才开始复苏。

农牧区于1976年建立，面积589.33公顷，位于马瑙斯以北的郊区，主要活动有橡胶树、蔬菜、可可树、果树种植等，主要满足该市的消费需求并用于出口。